Anfänge bis 1400
Schon in der jungen Steinzeit bildeten die geologischen Bedingungen an der fruchtbaren Unstrutniederung ein gut besiedelbares Areal, was archäologische Funde bestätigen. 
Sie zeigen auch, dass der Ort zur Zeit des Thüringer Königreichs zwischen 400 und 531 kulturell und politisch bedeutsam gewesen sein kann. Insbesondere wird mit den Funden eine sagenhafte Erzählung verknüpft, nach der Attila der Hunnenkönig auf dem Zug von Ungarn nach Frankreich im Jahre 451 auf der Burg Mulhus wohnte und zu Ehren des Ritters Georg eine Kirche erbauen ließ.
Mit dem Sieg der Franken über das thüringische Germanenreich im Jahre 531 begann die Staatskolonisation, die in der endgültigen Unterwerfung der Thüringer zu Beginn des 8. Jahrhunderts gipfelte. Gleichzeitig wurden die besetzten Gebiete missioniert und das Christentum hielt Einzug.
967 wurde Mühlhausen erstmals urkundlich als mulinhuson durch Kaiser Otto II. erwähnt. Es war Zentrum eines bedeutenden Reichsgutbezirkes mit befestigtem Königshof, dessen Ursprünge bis in das Fränkische Reich Karls des Großen zurückreichen.
Im 11. Jahrhundert begann die Entstehung der Altstadt (Marktsiedlung), im 12. Jahrhundert folgte die der Neustadt um die Marienkirche unter Kaiser Friedrich I. Barbarossa. Im Jahr 1135 söhnte sich Kaiser Lothar III. in der erstmals so bezeichneten „villa regia“ Mühlhausen endgültig mit Konrad von Staufen aus. Mit dem Jahr 1135 war Mühlhausen der erste Ort Thüringens, der die Stadtrechte erhielt. Heinrich der Löwe eroberte Mühlhausen, das sich zu einem bedeutenden Zentrum der Reichsgewalt entwickelt hatte, im Jahre 1180.
Um 1200 wurde die Stadtmauer um die Innenstadt (49 Hektar) mit sieben Doppeltoren und 38 Wehr- und Kanzeltürmen und einer Länge von 2,7 Kilometern erbaut. Mühlhausen, ursprünglich ein königliches Kammergut, erhielt zu Anfang des 13. Jahrhunderts Münz- und Zollrecht. 
Gegen die Burg, auf der ein königlicher Burggraf waltete, schloss sich die Stadt in der gleichen Zeit durch Mauern ab. Um 1220 wurde das „Mühlhäuser Reichsrechtsbuch“ nach des Reiches Recht (das älteste Stadtrechtsbuch in deutscher Sprache) aufgezeichnet. Es wurde auch für die Reichsstadt Nordhausen geltendes Recht. 1251 erhielt die Stadt Mühlhausen das Recht, einen Schultheißen zu ernennen und wurde dadurch Freie Reichsstadt, wenn auch jenes Amt noch im 14. Jahrhundert eine Zeit lang an den Grafen von Henneberg verpfändet war. Inzwischen hatte auch die Burggrafschaft ihr Ende erreicht: 1256 erstürmten die Bürger die Burg und machten sie dem Erdboden gleich. Kaiser Karl IV. bestätigte die Reichsfreiheit der Stadt. Diese umschloss ihr gesamtes Territorium durch eine zweite Befestigung mit zahlreichen Warten, den „Landgraben“. Mitte des 14. Jahrhunderts erhielten die Zünfte Vertretung im Rat. Die Freie Reichsstadt („des riches stadt“) Mühlhausen war seit 1286 Mitglied der Hanse. Die Stadt erwarb 60 umliegende Dörfer, sie baute viele Bürgerhäuser und 14 Kirchen. Letztere wurden fast alle vom Deutschen Ritterorden errichtet.
Die Reichsstadt Mühlhausen konnte bereits während des 13. Jahrhunderts ihre wirtschaftliche und politische Bedeutung im hessisch-thüringischen Grenzland an der Werra ausbauen. Karls des Großen zurückreichen.
Damit geriet sie, wie auch die benachbarte Vogtei Dorla immer häufiger in Auseinandersetzungen mit den Territorialmächten – den thüringischen Landgrafen und später auch den hessischen Landgrafen sowie dem Erzbistum Mainz. Die in Mühlhausen und Umgebung verbreitete Sage des Blinden Hessen berichtet, dass die Stadt von einer hessischen Streitmacht und von Eichsfelder Raubrittern angegriffen werden sollte und dass die Mühlhäuser die Hessen mit einer List in die Flucht schlagen konnten.
1292 wurde die Breitsülze, ein an der Stadt entlang fließender Bach, in einem künstlichen Bachlauf zur Wasserversorgung in die Oberstadt geleitet. Dies war für mittelalterliche Verhältnisse ein ingenieurtechnisches Meisterwerk. Der Bach wurde in einem Graben von 5350 Metern Länge mit einem Gefälle von nur 0,33 Millimeter pro Meter in die Oberstadt geleitet. Die Pläne für dieses Bauvorhaben stammen von einem Mönch, der der Sage nach einen Pakt mit dem Teufel traf und kurze Zeit nach der Fertigstellung verschwand.
1400 bis 1600
1430 trat Mühlhausen gemeinsam mit Erfurt und Nordhausen, mit diesen beiden Städten seit 1310 im Thüringer Dreistädtebund vereinigt, dem starken Goslarer Bund innerhalb der Hanse bei. Mühlhausen blühte wirtschaftlich weiter auf. Bereits 1247 waren Mühlhäuser Tuche durch den Hamburger Zoll gegangen. Flämische und wallonische Zuwanderer brachten neue Kenntnisse und Fertigkeiten in der Wollweberei, Tuchmacherei und Leineweberei mit. „Mühlhäuser Laken“ wurden ein Begriff. Waidanbau, -verarbeitung und -handel und der Handel mit Tuchen bis in ferne Länder spielten eine große Rolle. Mit Wanfried hatte Mühlhausen sogar einen Hafen: Die Waren wurden dorthin auf dem Landweg geschafft und dann weiter mit Schiffen werra- und weserabwärts. Ende des 15. Jahrhunderts hatte Mühlhausen 10.000 Einwohner und war damit eine der größten Städte Deutschlands. Mühlhausen hat es auch geschickt verstanden, die ständige Geldverlegenheit der Kaiser zu nutzen, und dehnte seine enge Stadtflur immer mehr aus. Der Stern von Mühlhausen begann mit der Abnahme der Bedeutung der Färberpflanze Waid und mit dem Aufkommen von Leipzig als Handelsstadt zu sinken. Neue Handelswege führten weiträumig um Mühlhausen herum.
Mit dem Bauernkrieg im Jahre 1525 wurde Mühlhausen durch den Prediger Thomas Müntzer und seinen Mitstreiter Heinrich Pfeiffer zum Zentrum von deren radikalreformatorischer Bewegung: „Die Macht soll gegeben werden dem gemeinen Volk“. 
Die „Mühlhäuser elf Artikel“ und ein „Ewiger Rat“ sollten die Herrschaft von Patriziern und Adel in der Stadt für immer beenden. Mühlhäuser Bürger nahmen auch an der Schlacht bei Frankenhausen 1525 teil. Nach der Niederlage der Bauern wurde Thomas Müntzer vor den Toren der Stadt hingerichtet. Heute erinnert ein Denkmal am letzten erhalten gebliebenen Stadtmauertor, dem Frauentor, an ihn. Die Stadt hatte schwere Straf- und Entschädigungszahlungen zu leisten und verlor ihre Dörfer. Sie ging vorübergehend auch ihrer Reichsfreiheit verlustig; die Fürsten von Sachsen und Hessen wurden Schutzherren. Diese waren protestantisch geworden, und auch Mühlhausen nahm die Reformation an. Nach 1525 war Mühlhausen auch eines der Zentren der mitteldeutschen Täuferbewegung, die zum Teil auch noch von Thomas Müntzer mitgeprägt gewesen war.[5][6] 1548 konnte unter Kaiser Karl V. eine neue Reichsfreiheit ausgehandelt werden. 1565 zählten 21 Dörfer mit insgesamt 949 Mann Bevölkerung zum Besitz der Reichsstadt.[7] Der Rat zu Mühlhausen unterzeichnete die lutherische Konkordienformel von 1577.[8] Durch den Ankauf der Liegenschaften des Deutschen Ritterordens (1599) erwarb die Stadt einen großen Grundbesitz (insgesamt 220 km²).
1600 bis 1914
Auf dem Fürstentag zu Mühlhausen im März 1620 gab der Kurfürst von Sachsen Johann Georg I. die Sache der Protestantischen Union preis und erklärte sich mit den rheinischen Erzbischöfen für den Kaiser. Für das Verschontbleiben von der Zerstörung im Dreißigjährigen Krieg hatte Mühlhausen mit 1,75 Millionen Gulden schwer zu zahlen. Die Steuern wurden erheblich erhöht, eine allgemeine Verarmung trat ein. Die Bevölkerungszahl von Mühlhausen sank auf die Hälfte. Die umliegenden Dörfer wurden geplündert und abgebrannt, ihre Bürger flohen in den Schutz der Stadtmauern. Großbrände 1649 und 1689 sowie der Siebenjährige Krieg verminderten ebenfalls die Leistungskraft der Stadt. Bedeutende Mühlhäuser Bürger verließen die Stadt, so Gottfried Christoph Beireis und Wilhelm Gottlieb Tilesius von Tilenau.
Mühlhausen war 1624–1731 von Hexenverfolgung betroffen. 54 Menschen gerieten in Hexenprozesse, 45 Frauen und neun Männer. 20 Verurteilte wurden verbrannt, drei enthauptet, 18 vermutlich hingerichtet. Zwei Frauen starben unter der Folter bzw. im Gefängnis, eine durch Selbstmord. Die erste Hinrichtung wurde an der Hebamme Martha Burghard, Frau des Steinsetzers, vollzogen.[9]
Das Gebiet der Freien Reichsstadt Mühlhausen um 1725
Vom 16. bis 18. Jahrhundert erlebte Mühlhausen eine Blüte der Kirchenmusik. 1707/1708 war Johann Sebastian Bach Organist an der Hauptkirche Divi Blasii (Sankt Blasius). Zum Ratswechsel am 4. Februar 1708 entstand die Kantate Gott ist mein König (BWV 71).
1802 endete die Reichsfreiheit und Mühlhausen kam an das Königreich Preußen. 1807 wurde die Stadt dem von Napoleon geschaffenen Königreich Westphalen angegliedert, 1815 kam sie wieder zu Preußen. Diese Eingliederung in ein größeres Territorium bot neue wirtschaftliche Möglichkeiten.
1831 wanderte der gebürtige Mühlhäuser Johann August Röbling in die USA aus und konstruierte dort 1865 die größte Drahtseilhängebrücke der Welt, die Brooklyn Bridge in New York.
1861 wurde Mühlhausen an das Telegrafennetz angeschlossen. 1870 wurde die Bahnstrecke Gotha-Leinefelde eingeweiht und der Bahnhof in Betrieb genommen. 1897 folgte dieBahnstrecke Ebeleben–Mühlhausen. 1882 wurde ein neues Postgebäude eingeweiht, 1887 wurde Mühlhausen an das Telefonnetz angebunden und 1895 wurde das Wasserwerk eröffnet. 1898 wurde ein Elektrizitätswerk errichtet und die Straßenbahn Mühlhausen nahm ihren Betrieb auf. Von 1897 bis 1899 wurde das Städtische Krankenhaus gebaut. Mühlhausen nahm am allgemeinen Aufschwung im Deutschen Kaiserreich nach 1870/71 bis zum Ersten Weltkrieg teil. Eine starke Entwicklung nahmen besonders die Textilherstellung, metallverarbeitende Betriebe und die Tabakindustrie. Mühlhäuser Unternehmen wurden auf internationalen Ausstellungen mit Medaillen ausgezeichnet. Der wirtschaftliche Fortschritt ging einher mit einem Bevölkerungswachstum, im Jahr 1900 war die Bevölkerung auf über 33.000 Einwohner angestiegen. Es folgte der Bau neuer Schulen und die Einrichtung eines Lehrerseminars.
Im Jahre 1900 wurde die Marienkirche mit kaiserlicher Unterstützung durch den Bau des höchsten Kirchturms Thüringens komplettiert. 1907 eröffnete das erste Lichtspieltheater, 1908/09 eine Reichsbankfiliale und 1914 wurde das Rathaus erneuert und erweitert. 1910–1917 wurde die Provinzialheilanstalt Pfafferode gebaut.
1914 bis 1945
Im Ersten Weltkrieg verzeichnete Mühlhausen 1.300 Gefallene und Vermisste. An der Novemberrevolution 
1918 beteiligten sich die Einwohner relativ wenig, nur an einigen Tagen mit Kundgebungen auf dem Blobach und Umzügen durch die Stadt. Es folgten die Hyperinflation Anfang der 1920er Jahre, Notgeld, Verarmung, Firmenzusammenbrüche, über 5.000 Arbeitslose, Wohnungsnot und schwere Spannungen zwischen den politischen Parteien der Weimarer Republik. Nach 1923 gab es eine gewisse Konsolidierung. Der Stadtberg wurde mit Wohnhäusern bebaut und als „Erwerbslosensiedlung“ die Sachsen-Siedlung errichtet. Das Landeskrankenhaus Pfafferode wurde baulich erweitert. 1928 errichtete die Stadt das Denkmal für die Gefallenen des Ersten Weltkriegs (Der Löwe). 1928/29 wurde der Neue Stadtfriedhof mit modernem Krematorium in Funktion genommen. Der Gerichtsbau am Untermarkt erhielt 1929–1931 seine heutige Gestalt.
Mit der Machtübernahme durch die Nationalsozialisten 1933 musste der nicht systemkonforme Bürgermeister Hellmut Neumann abtreten. Am 20. Mai 1933 wurden auf dem Blobach Bücher verschiedener deutscher Schriftsteller verbrannt. Mühlhausen wurde zum „Notstandsgebiet“ erklärt und mit öffentlichen Bauten und Unterstützung von Privatbauten gefördert. 1935 wurde die Stadt im Zuge der Aufrüstung Garnisonsstadt der Wehrmacht. Im gleichen Jahr konnte eine neue große Kreissparkasse übergeben werden. Unter den Neubauten überwogen aber Kasernen und die Rüstungsindustrie. In Planung befand sich ein Anschluss von Mühlhausen an das entstehende Netz der Reichsautobahn. Die Arbeitslosigkeit wurde durch die Baumaßnahmen, durch Arbeitsdienst, Landjahrdienst und Wehrpflicht abgebaut. Von 1934 bis 1943 wurden im Städtischen Krankenhaus 140 Menschen Opfer von Zwangssterilisationen.
In der Nacht vom 9. zum 10. November 1938 wurde die Synagoge der jüdischen Gemeinde verwüstet und der Rabbiner durch Pistolenschüsse schwer verletzt. Mindestens 59 jüdische Menschen wurden bis 1945 Opfer des Holocaust. Zwischen 1939 und 1945 starben in der Landesheil- und Pflegeanstalt Pfafferode 2.841 Patienten , die Sterberate stieg in diesem Zeitraum von 13,5 % auf 49,3 %. Von den Toten werden 1.976 als NS-Opfer der Aktion T4 und der Aktion Brandt gezählt.[10] Seit 2000 erinnert im Foyer des heutigen Ökumenischen Hainich-Klinikums ein Gedenkstein an diese Opfer. 1944 wurden in Mühlhausen zwei Außenlager des KZ Buchenwald (Martha I und Martha II) eingerichtet. Die mehr als 1.870 internierten Häftlinge wurden zur Arbeit in Rüstungsbetrieben (u.a. in der Gerätebau GmbH im Mühlhäuser Stadtwald) gezwungen.
Während eines anglo-amerikanischen Bomberangriffes am 11. September 1944 wurden über Mühlhausen 24 500-kg-Sprengbomben abgeworfen. 17 Wohnhäuser wurden zerstört, 22 beschädigt. Auch Industriebauten wurden getroffen, 17 Menschen starben. Bei einem Abwurf von fünf Sprengbomben am 13. September 1944 starben noch einmal 10 Mühlhäuser. Am 4. April 1945 nahmen US-Truppen die Stadt, deren Lazarette mit über 1.000 Verwundeten belegt waren, kampflos ein. Am 7. April 1945 erfolgte ein deutscher Fliegerangriff auf Mühlhausen mit Splitterbombenabwürfen und Bordwaffenbeschuss. Dabei wurden zahlreiche Häuser beschädigt und mehrere Menschen getötet.
1945 bis 1990
Nach der Übergabe der Stadt an die Rote Armee am 5. Juli 1945 lag Mühlhausen in der Sowjetischen Besatzungszone (SBZ).
Ab 1945 wurden in Mühlhausen zahlreiche Vertriebene aus den ehemals deutschen Ostgebieten und dem Sudetenland angesiedelt, darunter auch viele aus dem böhmischen Saaz (heute Žatec). Sie bilden im Unstrut-Hainich-Kreis eine mitgliederstarke Gruppe der Sudetendeutschen Landsmannschaft. Der starke Zustrom von Ostdeutschen erklärt auch die – trotz der Kriegsverluste – erhebliche Zunahme der Bevölkerungszahl von Mühlhausen in den Nachkriegsjahren. Diese verminderte sich dann wieder deutlich durch „Republikflucht“ in der Zeit von SBZ und DDR und dann noch einmal nach der Wende, auch Folge einer Deindustrialisierung.
Am 17. Juni 1953 demonstrierten auf dem Marktplatz der Stadt 3000 Menschen, überwiegend Bauern aus den Dörfern der Umgebung. Sie forderten eine Senkung des Abgabesolls, Aufhebung der Kollektivierungsmaßnahmen, die Beseitigung der Diskriminierung der Großbauern, aber auch „Gesamtdeutsche freie und geheime Wahlen“ sowie den „Wegfall der Sperrzonen“ an der innerdeutschen Grenze. Vor dem Gerichtsgebäude wurde die Freilassung inhaftierter Bauern verlangt, es kam zu handgreiflichen Auseinandersetzungen mit der KVP. Diese wurden erst durch das Erscheinen des sowjetischen Militärkommandanten mit 20 Soldaten beendet. Die Demonstration wurde abends aufgelöst und der Ausnahmezustand durch die Besatzungsmacht ausgerufen. Die DDR-Sicherheitsorgane übergaben 20 bis 25 festgenommene Personen an den Militärkommandanten.[11][12][13]
1969 wurde die Mühlhäuser Straßenbahn stillgelegt und auf Busverkehr umgestellt. Zum 450. Todestag von Thomas Müntzer erhielt Mühlhausen 1975 den amtlichen Namenszusatz „Thomas-Müntzer-Stadt“. Im August 1976 fand in Mühlhausen die 26. Pugwash-Konferenz statt.
Von 22. Oktober 1989 bis Februar 1990 fanden von Versammlungen in Kirchen ausgehende politische Demonstrationen in Mühlhausen statt, auf denen zunächst die Demokratisierung der Verhältnisse und bald auch die deutsche Wiedervereinigung gefordert wurden. Im Dezember 1989 wurde eine Städtepartnerschaft mit Eschwege, 1990 mit Münster (Westfalen) geschlossen. Im Mai 1990 erfolgten demokratische Kommunalwahlen. Die neu gewählte Stadtverordnetenversammlung fasste bereits im Juli den Beschluss zur sofortigen Beendigung der Abrissarbeiten in der historischen Altstadt, die als „einzigartiges Flächendenkmal“ erhalten und saniert werden sollte. Es liefen erste bauliche Sicherungsmaßnahmen an, unterstützt auch von der „Hessenhilfe für Thüringen“. Auch der Verein „Freunde Mühlhausens“ aus Münster half mit (Finanzierung des Pavillons auf der Stadtmauer). Straßen und Plätze erhielten ihre historischen Namen wieder. Die Großbetriebe der Stadt gerieten in Schwierigkeiten, es erfolgten Kündigungen und es gab auch Streiks wegen Gefährdung der Arbeitsplätze. Viele Anträge auf Reprivatisierungen wurden gestellt. Das Grenztruppen-Kommando löste sich im September 1990 auf, Mühlhausen wurde Bundeswehr-Garnison.
1991 bis heute
1991 brachte das Ende der Zeit als sowjetische Garnison.
Im gleichen Jahr strich die Stadtverordnetenversammlung den Beinamen „Thomas-Müntzer-Stadt“ aus dem Stadtnamen und beschloss als offizielle Bezeichnung der Stadt Mühlhausen/Thüringen.
Die Altstadterneuerung machte gute Fortschritte, ein Schwerpunkt war die Neugestaltung der Fußgängerzone Steinweg. Im Rahmen des Bundeswettbewerbs „Erhaltung des historischen Stadtraums in den neuen Bundesländern“ wurde Mühlhausen 1994 mit einer Bronzeplakette ausgezeichnet. Die Sanierung der Stadt lief und läuft erfolgreich weiter.
Der Plattenbau Hotel Stadt Mühlhausen am Untermarkt wurde abgerissen. Am 9. November 1998 konnte die restaurierte Synagoge in der Jüdenstraße als Synagoge und Begegnungsstätte eingeweiht werden.
2001 wurde am Ort der Sowjetischen Militärtribunale am Untermarkt 17 (jetzt Amtsgericht) eine Gedenktafel enthüllt: „An diesem Ort wurden durch den sowjetischen Geheimdienst NKWD von 1945 bis 1948 Unschuldige eingekerkert und gefoltert. Viele wurden deportiert oder zum Tode verurteilt“.
Große Probleme der Stadt sind der Geburtenrückgang seit der Wende (DDR), die Deindustrialisierung und die Bevölkerungsabwanderung.
(Quelle Metapedia)